自分が最強だと思うDiffツールのBeyond Compare。日本語化もされてます。
最強たる所以の一つとしてFTP機能があることです。
ファイルを更新するときもBeyond Compareを使えば、変更した行だけをマージすることも可能です。
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設定の仕方
profilesを選択
右下の「＋」ボタンをチェックし、FTP Profileを選択。
FTPの各種設定を行う。
保存すると右メニューができるので、右クリックでリネーム。
メインメニューに戻り「Folder Compare」を選択する
このボタンを押すと、先程保存したサーバーを選択することができる。
自分はleft folderをローカル、rightフォルダーをサーバーに設定しています。
隠しすぎてわかりづらいけど、こんな画面が出てきてサーバーを設定することが出来ます。
意図しないディレクトリに飛んでしまった場合、「set as Base Folder」を選択すれば、次回からこのディレクトリにいくことができる。